故事以前作《科学小飞侠Crowds》的后续剧情展开。距离“立川事件”已经过了一年，当初贝尔库·卡切赋予尔乃美家累的力量“CROWDS”在日本首相菅山的推广之下已在人类社会当中广泛普及。然而仍然存在着对此感到不满的人们，此时菅山遭到不明人士的袭击，GATCHAMAN的全新战斗就此揭开序幕。

故事发生在遥远的未来时代，日本财政陷入了巨大的危机之中，就在国家即将崩溃之时，一个名为“Sovereign Wealth Fund”的金融机构出现，成功的挽救了摇摇欲坠的日本。尽管经济危机得到了缓解，但城市却因长久以来的缺乏管理而陷入了混乱，失业率、自杀率和犯罪率急速上升。余贺公麿（内山昂辉 配音）的母亲早逝，父亲亦不知所踪，在舅母的抚养下长大成人的他就读于经济学部。家庭温暖的缺失让公麿十分渴望能够拥有一个稳定的家，某一日，他在银行中遇见了一位神秘的男子真坂木（樱井孝宏 配音），男子以公麿的未来作为抵押，借给了公麿大量金钱，公麿就此进入了异空间“金融街”，在那里，有许多和他一样失去了未来的人们，靠着战斗来实现各自的梦想。

本动画由《座敷童子》《海坊主》《无脸怪》《鵺》《化猫》五个故事组成，背着一个大药箱、持着一把退魔之剑的卖药郎（樱井孝宏 配音）是每一个故事的联结者。妖怪的形成，是由人类的种种因缘引起的；要想拔出退魔之剑，就必须要凑齐“形、真、理”。“形”即由人的因缘所引起的妖怪的形态；“真”即事件的真相；“理”即当事人心里真实的想法。雨夜里，一名怀孕女子来到旅馆投宿，老板娘将她安排到一个从不住人的房间里。同时，有个追杀此名女子的男人也来到旅馆。不久后，奇怪的事情发生了。卖药郎得知妖怪的“形”乃怨灵“座敷童子”，而“真”和“理”究竟是……在卖药郎的询问下，老板娘说出了多年的真相，原来这家旅馆的前身是青楼，而这个房间，竟然是……

故事发生在2015年的东京立川市，极度发达的网络科技让手机和社交网络成为了人们生活中不可或缺的一部分，与此同时，被称为“MESS”的网络漏洞亦常常给用户带来意想不到的麻烦。为了应对MESS造成的骚乱，一支名为“Gatchaman”的特别行动小组成立了，其中的成员，都是拥有着特殊能力的异能者。拥有超高智商的活泼女孩一之濑初（内田真礼 配音）、极富正义感和责任感的橘清音（逢坂良太 配音）、平时懒懒散散但在工作中却极为认真的朼朼木丈（浪川大辅 配音）、沉默寡言身世神秘的宫现（小岩井小鸟 配音），他们所要面对的，是作为社交媒体“GALAX”中最具人气的领袖人物LOAD（村濑步 配音）。

故事发生在地球大战的40年之后，将结合全新的人物与迷友们熟知多年的老人物一起，从全新的角度来讲述一段新的变形金刚的故事。博派与狂派均已解散并回到了塞伯坦。擎天柱与威震天的时代结束后，如今的塞伯坦进入了三人执政时期。然而，一项古代科技成了新的威胁，  这股力量能够将多名变形金刚组合为一个身形巨大的、更具威胁力的形态——组合金刚。谁将挺身而出面对这一威胁，以保护四百万年后来之不易的脆弱和平呢？